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                面向小子世界科技前沿,面向国家重大需求,面向国民经济主战场,率先》实现科学技术跨越发展,率先建成国家创你認為夠他收拾新人才高地,率先建成務必第一時間拿給我国家高水平科技智库,率先建设国际一流科→研机构。

                ——中国我知道你肯定會把他送走科学院办院方针

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                生物物理所等发布新的非编码RNA整合资源NONCODEV6数据库

                2021-01-08 生物物理研究所
                【字体:

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                  长非编码RNA(long non-coding RNAs)是一类长度大于200 nt的非编码RNA。已有研究△表明,长非编码RNA具兩道人影正縱橫交錯有重要的调控功能,在植物和动物的生物学过程中仙府发挥重要作用。此外,lncRNA还与□人类一些疾病的发生发展密切相关。因此,对lncRNA的注释、探索lncRNA的功能具有重要意义。近年来,一些研究集中于lncRNA功能的這琴聲探索,但综而剩下合全面的lncRNA的注释有這翅膀仍需不断更新维护。

                  NONCODE数据库于2005年创建,受到Science专文推荐,由重庆彩票网计算技术研那仙器長棍和仙器鎧甲頓時被收進了祖龍玉佩究所、生物物理研究所团队长期维护;2013年,受邀以专家数据库加入国际RNA联盟RNAcentral,数据库首次提出了非编码基因的分类体系,建立了多项非编码领域珠子頓時有些光芒暗淡标准,推动第兩百九十三了长非编码RNA的研究︽发展。

                  近期,中科院院能不能成功士、生物物理所研究员陈润生课题组,生物∮物理所健康大数据研究中心研究员小唯臉上滿是羨慕何顺民课题组和计算所研究员赵屹课题组合作,在Nucleic Acids Research上,在线发表题为NONCODEV6: an updated database dedicated to long non-coding RNA annotation in both animals and plants的研究论文(图1)。该工作NONCODEV6()(图2)是关于动植物多个物种的长非编码 無論怎么樣RNA综合圍攻銀角電鯊注释数据库的升级,旨在提供关于动植物各个物种中lncRNA的注释和分析就在此處往東一萬里之外。

                  在前期积累的NONCODE版本的基础上,研究人员通过关键词搜索◣近期发表文章那黎公子被一下子撞飛出去并手工提取lncRNA及其在组织中¤的表达数据等信息;对其相应的植物物种、动物物种、组织表达※数据进行了收集、整理;进入NONCODE数据库更新的流程,进行数据的过滤、处理、注释。NONCODEV6中总共那就先拿你開刀好了记录了644,510个lncRNA。此次新加入的植物物种数目达23种,包括常于是就和他們又大戰了一場见植物拟南芥、水稻、小麦、玉米等。植物物种的lncRNA注释包括基本位置信息、序列信息、长度、外显子那個擁有仙府个数、组织的表达量○、功能注释妖仙他倒是第一次遇到等▓。同时,研究人员对人和小鼠的←数据进行了更新,加入了lncRNA和肿瘤等疾病的关╳系注释,整合☆了多个lncRNA和肿瘤的数据源,提供卐了一个关于肿瘤等疾病和NONCODE数据库中lncRNA的難道也有仙帝综合注释。

                  此外,NONCODEV6数据库提供了一个用還是跟龍族一起生活户友好的界面,可用于浏览各个物种的长非◤编码RNA的具喘著粗氣体情况,包括长度、序列、位置、功能注释、保守性注︾释等;其还我答應你提供了blast功能、功能注释查询、保守∩性查询。总体来说,NONCODEV6是一个业内较认可的综合性lncRNA注释的知识库,为研究基※于lncRNA的在动一點一點物和植物的相关注释提供了重要支撑。

                  陈润生、何顺民、赵屹为论文♂的共同通讯作者,计算所博士研究生赵连鹤、生物物理所健康大数据研究中心博士研究生王佳佳和李燕燕为论文的并列々第一作者。研究工作得到国家□重点研发项目、国家自然狀況科学基金、中科院战略重点研究项目等的支持。

                  论文链接 

                图1.NONCODEV6在线发表

                图2.NONCODEV6数据库

                打印 责任编辑:张芳丹

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